Na França, o teólogo João Calvino posicionou-se com as obras protestantes e as idéias evangelistas, partindo da necessidade de dar à Reforma um corpo doutrinário lógico, eliminando todas as primeiras afirmações fundamentais de Lutero: a incapacidade do homem, a graça da salvação e o valor absoluto da fé. 

Calvino julgava Deus todo poderoso, estando a razão humana corrompida, incapaz de atingir a verdade. Segundo ele, o arrependimento não levaria o homem à salvação, pois este tinha natureza irremediavelmente pecadora. Formulou então a Teoria da Predestinação: Deus concedia a salvação a poucos eleitos, escolhidos por toda a eternidade. Nenhum homem poderia dizer com certeza se pertencia a este grupo, mas alguns fatores, entre os quais a obediência virtuosa, dar-lhe-iam esperança. 

Os protestantes franceses seguidores da doutrina calvinista eram chamados huguenotes, e se propagaram rapidamente pelo país. O calvinismo atingiu a Europa Central e Oriental. Calvino considerou o cristão livre de todas as proibições inexistentes em sua Escritura, o que tornava lícitas as práticas do capitalismo, determinando uma certa liberdade em relação à usura, enquanto Lutero, muito hostil ao capitalismo, considerava-o obra do demônio. Segundo Calvino, "Deus dispôs todas as coisas de modo a determinarem a sua própria vontade, chamando cada pessoa para sua vocação particular". Calvino morreu em Genebra, em 1564. Porém, mesmo após sua morte, as igrejas reformadas mantiveram-se em contínua expansão. 

O Anglicanismo na Inglaterra 

Na Inglaterra, o principal fato que desencadeou a Reforma religiosa foi a negação do papa Clemente VII a consentir a anulação do casamento do rei Henrique VIII com Catarina de Aragão, impedindo a consolidação da monarquia Tudor. Manipulando o clero, Henrique VIII atingiu seu objetivo: tornou-se chefe supremo da Igreja inglesa, anulou seu casamento e casou-se com Ana Bolena. A reação do papa foi imediata: excomungou o soberano e, em consequência, o Parlamento rompeu com Roma, dando ao rei o direito de governar a Igreja, de lutar contra as heresias e de excomungar. Consolidada a ruptura, Henrique VIII, através de seus conselheiros, organizou a Igreja na Inglaterra. 

Entretanto, a reforma de Henrique VIII constituiu mais uma alteração política do que doutrinária. As reais alterações teológicas surgiram no reinado de seu filho, Eduardo VI, que introduziu algumas modificações fortemente influenciadas pelo calvinismo. Foi no reinado de Elizabeth I, porém, que consolidou-se a Igreja Anglicana. A supremacia do Estado sobre a Igreja foi afirmada e Elizabeth I tornou-se chefe da Igreja Anglicana independente. A Reforma na Inglaterra representou uma necessidade de fortalecimento do Estado, na medida em que o rei transformou a religião numa via de dominação sobre seus súditos. 

A Contra-Reforma 

A reação oficial da Igreja contra a expansão do protestantismo ficou conhecida como Contra-Reforma. Em 1542, o papa Paulo III introduziu a Inquisição Romana, confiando aos dominicanos a função de impô-las aos Estados italianos. A nova instituição perseguiu todos aqueles que, através do humanismo ou das teologias luterana e calvinista, contrariavam o ortodoxia católica ou cometiam heresias. A Inquisição também foi aplicada em outros países, como Portugal e Espanha. 

Em 1545, a Igreja Católica tomou outra medida: uma comissão de reforma convocou o Concílio de Trento, desenvolvido em três fases principais, entre 1545 e 1563, fixou definitivamente o conteúdo da fé católica, praticamente reafirmando suas antigas doutrinas. Confirmou-se também o celibato clerical e sua hierarquia. Em 1559 criou-se ainda o Índice de Livros Proibidos, composto de uma lista de livros cuja leitura era proibida aos cristãos, por comprometer a fé e os costumes católicos.