4. O governo-geral do Brasil: 

Mediante as dificuldades do sistema de capitanias, D.João III deu início ao Governo-Geral do Brasil, com esse governo fica estável um órgão centralizador da ação colonizadora, dando total garantia de uma unidade administrativa. 

Com a criação desse governo, o Estado Português teve que assumir diretamente a colonização, porém sem suprimir o sistema das capitanias.

Tomé de Sousa: 

Tomé de Sousa foi o primeiro governador-geral do Brasil. Ele foi responsável pela instalação de um novo sistema de administração que foi criado em Portugal. 

Fundou Salvador no ano de 1549, que foi a sede do governo e capital da colônia, e também a instalou o primeiro bispado do Brasil. 

Trouxe para o Brasil o primeiro grupo de jesuítas, liderados por Manoel da Nóbrega, fundando na Bahia o primeiro em território brasileiro. 

Durante o seu governo a economia açucareira teve um desenvolvimento considerável, baseando-se na mão-de-obra africana.

Duarte da Costa

Duarte Costa foi o segundo governador-geral do Brasil. Durante o seu governo, os jesuítas Manoel de Paiva e José de Anchieta fundaram o colégio no planalto de Piratininga, que foi o primeiro colégio de São Paulo. 

O regime de Duarte Costa foi marcado por algumas dificuldades, por razão de alguns conflitos entre os colonos e os jesuítas, envolvendo a escravização dos indígenas. 

Em 1555, ocorreu a invasão francesa no Rio de Janeiro, onde foi fundada a França Antártica, e sem recursos para conter os invasores, o governador-geral perdeu a autoridade e sua administração ficou enfraquecida. 

Mem de Sá: 
 

O terceiro governador-geral do Brasil foi Mem de Sá. Durante o seu governo, ele acabou com os conflitos entre os colonos e jesuítas e estimulou a lavoura de exportação, promoveu uma campanha para destruir a França Antártica, e com isso fundou a segunda cidade do Brasil, a São Sebastião do Rio de Janeiro, em 1565.

Divisões e reunificações do Governo do Brasil:

O quarto governador-geral nomeado foi Dom Luís de Vasconcelos, mas ele morreu num confronto no mar com os franceses, durante a viagem ao Brasil para tomar a posse. 

Sendo assim, em 1572 o rei de Portugal, Dom Sebastião decidiu dividir o Brasil em dois governos: o Norte, com sede em Salvador, comandado por Luís de Brito e Almeida; e o Sul, com sede no Rio de Janeiro, comandado por Antônio Salema. Com o fracasso dessa divisão, o Brasil foi reunificado e Salvador voltou a ser a sede, sob o comando de Lourenço da Veiga.

Em 1621, o Brasil foi dividido em dois Estados: o Estado do Brasil e o Estado do Maranhão, sendo reunificando em 1775 pelo Marquês de Pombal.