No ano de 1975, inicia-se um conflito armado contra o Timor Leste. O motivo foi a invasão da Indonésia, que desde 1945, cumpria as ordens do Direito Internacional, e sempre assegurou à ONU não ter qualquer reivindicação territorial sobre Timor Oriental.

No ano de 1960, a ONU determinou que o Timor Leste estava sob o domínio de Portugal.

Com a revolução de Portugal em 1974, as colônias portuguesas tornaram-se independentes, e conseqüentemente, foi cogitado que o Timor Leste também estaria libertado. No entanto, surgem alguns partidos no Timor Leste, a União Democrática Timorense (UDT), a Associação para a Integração de Timor na Indonésia e a Frente de Libertação de Timor Leste (FRETILIN). E houve um desacordo entre os estes partidos, iniciando a guerra civil.

A administração portuguesa, não estava tendo poder suficiente para lidar com esta condição, e abriu mão do Timor, e o partido FRETILIN, pronunciou a independência da República Democrática de Timor-Leste. Após dez dias da declaração a Indonésia ocupou o território. A resistência maubere, comandada por Xanana Gusmão, se acomodou nas montanhas de Timor.

Os timorenses protestavam para a independência do Timor-Leste, e a força de segurança da Indonésia, atacaram contra eles, levando a morte de muitos. Nesta mesma época Xanana Gusmão foi preso.

Até o ano de 1998, o vice-presidente Habibie substituiu o general Suharto. E este novo presidente anunciou a realização de um referendo em Timor Leste, para que o povo decidisse se a região deveria ser independente ou não.

As forças militares da Indonésia continuaram com os conflitos, amedrontando e ameaçando a população, para que não votassem a favor da autonomia de Timor.

No dia 30 de agosto de 1999, é realizado o referendo, e poucos dias depois o resultado é anunciado pela ONU, sendo 78,5% de votos para a independência de Timor Leste.

A força indonésia reagiu com esta notícia, traçando um período longo de ataque contra os timorenses.

O Conselho de Segurança das Nações Unidas adequou uma nova Resolução para Timor condenando todos os ataques violentos, declarando o fim destes, e obrigando os acusados a se responsabilizarem pela volta dos timorenses refugiados.