A pequena facção do império deu lugar à modernização e muitas batalhas, com rendição do governo de Edo, Yoshinobu. Tokugawa chegou ao poder, mas seguiu para o norte de Honsu e em seguida Hokkaido, com declaração de nova republica. Foram destruídos na Batalha de Hakodate, tirando as últimas chances de xogunato e passando o Japão a ser imperial.
Mais de 120 mil homens fizeram parte desse conflito, com um número de mortos absurdo. A facção imperial saiu vitoriosa da guerra e quis expulsar todos os estrangeiros do Japão, além de modernizar os Tratados Desiguais com os poderes ocidentais. Seguidores de Tokugawa não foram punidos e com o apoio de xoguns ganharam espaço no novo governo.
Alguns elementos desse conflito foram para o cinema em 2003, com a película chamada “ O Último Samurai”.