A forma do corpo dos peixes "típicos" – basicamente fusiforme – é uma das suas melhores adaptações à locomoção dentro de água. A maioria dos peixes pelágicos (ver acima), principalmente os que formam cardumes activos, como os atuns, apresentam esta forma "típica". 

No entanto, há bastantes variações a esta forma típica, principalmente entre os demersais e nos peixes abissais (que vivem nas regiões mais profundas dos oceanos). Nestes últimos, o corpo pode ser globoso e apresentar excrescências que servem para atrair as suas presas. 

A variação mais dramática do corpo dos peixes encontra-se nos Pleuronectiformes, ordem a que pertencem os linguados e as solhas. Nestes animais, adaptados a viverem escondidos em fundos de areia, o corpo sofre metamorfoses durante o seu desenvolvimento larvar, de forma que os dois olhos ficam do mesmo lado do corpo – direito ou esquerdo, de acordo com a família. 

Muitos outros peixes demersais têm o corpo achatado dorsi-ventralmente para melhor se confundirem com o fundo. Alguns, como os góbios, que são peixes muito pequenos que vivem em estuários, têm inclusivamente as barbatanas ventrais transformadas num disco adesivo, para evitarem ser arrastados pelas correntes de maré
Os Anguilliformes (enguias, congros e moreias) têm o corpo "anguiliforme", ou seja em forma de serpente, assim como algumas outras ordens de peixes. 

Barbatanas 
As barbatanas são os órgãos de locomoção dos peixes. São extensões da derme (a camada profunda da pele suportadas por lepidotríquias, que são escamas modificadas e funcionam como os raios das rodas de bicicleta. Por essa razão, chamam-se raios os que são flexíveis, muitas vezes segmentados e ramificados, ou espinhos, qando são rígidos e podem ser ocos e possuir um canal para a emissão de veneno. 

Os números de espinhos e raios nas barbatanas dos peixes são importantes caracteres para a sua classificação, havendo mesmo chaves dicotómicas para a sua identificação em que este é um dos principais factores. 

Tipicamente, os peixes apresentam os seguintes tipos de barbatanas: 

-uma barbatana dorsal
-uma barbatana anal
-uma barbatana caudal
-um par de barbatanas ventrais (ou barbatanas pélvicas) e
-um par de barbatanas peitorais. 

Apenas as barbatanas pares têm relação evolutiva com os membros dos restantes vertebrados. 

Algumas ou todas estas barbatanas podem faltar ou estar unidas – já foi referida a transformação das barbatanas peitorais dos góbios num disco adesivo – mas as uniões mais comuns são entre as barbatanas ímpares, como a dorsal com a caudal e anal com caudal (caso de algumas espécies de linguados). 

As barbatanas têm formas e cores típicas em alguns grupos de peixes – são bem conhecidas as barbatanas dorsais dos tubarões! Para além de avisarem os banhistas para sairem da água, em praias onde eles podem aparecer e ser perigosos, são um importante petisco na China. 

Para além da coloração do corpo, a forma e cor das barbatanas são decisivas para os aquaristas, de tal forma que chegam a ser produzidas variedades de espécies com barbatanas espectaculares, como o famoso cauda-de-véu, uma variedade do peixinho-dourado (Carassius auratus). 

Alguns grupos de peixes, para além da barbatana dorsal com espinhos e raios (que podem estar separadas), possuem uma barbatana adiposa, normalmente perto da caudal. É o caso dos salmões e dos peixes da família do bacalhau (Gadídeos). 

Escamas ou placas 
A pele dos peixes é fundamentalmente semelhante à dos outros vertebrados, mas possui algumas características específicas dos animais aquáticos. O corpo dos peixes está normalmente coberto de muco que, por um lado diminui a resistência da água ao movimento e, por outro, os protege dos inimigos. Embora haja muitos grupos de peixes com pele nua, como as enguias, a maior parte dos peixes tem-na coberta de escamas que, ao contrário dos répteis, têm origem na própria derme. 

Os peixes apresentam quatro tipos básicos de escamas: 

ciclóides, as mais comuns, normalmente finas, sub-circulares e com a margem lisa ou finamente serrilhada;
ctenóides, também sub-circulares, mas normalmente rugosas e com a margem serrilhada ou mesmo espinhosa;
ganóides, de forma sub-romboidal e que podem ser bastante grossas como as dos esturjões; e salmões.
placóides, normalmente duras com um ou mais espinhos, de formas variadas. 

Alguns grupos de peixes têm o corpo coberto de placas ou mesmo uma armadura rígida, como o peixe-cofre e os cavalos-marinhos. Esta armadura pode estar ornamentada com cristas e espinhos e apresenta fendas por onde saem as barbatanas. 

Linha lateral 
Um órgão específico dos peixes é a linha lateral, normalmente formada por uma fiada longitudinal de escamas perfuradas através das quais corre um canal que tem ligação com o sistema nervoso; aparentemente, este órgão tem funções relacionadas com a orientação, uma espécie de sentido do olfacto através do qual os peixes reconhecem as características das massas de água (temperatura, salinidade e outras). 

A linha lateral é um órgão sensorial.Ela pode ser facilmente identificada nos peixes, por estar posicionada nas laterais do peixe, formada por escamas com poros.