Os alimentos são excelentes substratos onde se desenvolvem numerosas espécies e variedades de microrganismos, por vários fatores ambientais. De todos os micro-organismos as bactérias são as de maior participação nos processos de contaminações de alimentos, pois atuam sob numerosos tipos de substratos, sob diferentes faixas de temperatura e de PH, bem como de condições do meio ambiente.

A contaminação microbiana do alimento acontece direta ou indiretamente. Na forma direta ela ocorre no tecido animal ou vegetal vivo, antes do abate ou colheita, já na forma indireta, acontece depois do abate ou colheita dos alimentos, por mecanismo cruzado ou não. A higiene pessoal dos manipuladores de alimentos, higiene do ambiente de trabalho e de utensílios utilizados para o preparo de alimentos, são itens imprescindíveis para o cuidado de uma alimentação sem contaminação e de boa qualidade.

Fontes de microorganismos contaminantes:

• Indivíduo (manipulador): o indivíduo enfermo ou portador assintomático de microrganismos patogênicos é portador ativo de contaminação de alimentos.
Boca e nariz: espirros, tosse, focos dentários, inflamações bucais, etc. 

• Mãos: procedimentos anti-higiênicos (esfregar o nariz, alisar o cabelo, etc). 

• Lesões cutâneas: ferimentos, espinhas, furúnculos, queimaduras, etc. 

• Animais: como o cachorro, gato, pássaros, podem constituir graves focos de contaminação e transmissão de microrganismos que se estende a ali-mentos e ao próprio indivíduo. 

• Insetos: além da degradação física podem transmitir aos produtos microrganismos deteriorantes e patogênicos. As moscas que tem seu habitat em locais anti – higiênico (lixo, chiqueiros, etc) , transportam através de seu corpo grande quantidade de microrganismos sendo depois depositado sobre equipa-mentos, utensílios e alimentos expostos. As baratas pode contaminar com facilidade os alimentos pelo fato de coabitarem os locais de preparo e armazenamento (cozinhas, copas, despesas). As baratas tem olfato acentuado e por isso localizam os alimentos com muita facilidade. Além de veicularem microrganismos, prejudicam o odor e o sabor dos alimentos, impreg-nando com seu desagradável e carac-terístico cheiro. 

• Roedores: atuam principalmente sobre os alimentos armazenados, contaminando-os através de seus pelos, fezes e urina. Os alimentos preferencialmente consumidos pelos roedores são os cereais, as frutas, o leite, embutidos e queijos. 

• Aves : os ovos podem ser contaminados devido a alimentação das aves e também a manipulação do homem. 

• Mamíferos: especialmente os bovinos e suínos, podem vincular diretamente microrganismos para os alimentos pos-teriormente constituídos , como a carne e o leite. 

• Pescados: os peixes, camarões, lagostas, mariscos e outros tipos de pescados podem conter uma intensa carga microbiana. Os pescados podem tornarem-se produtores de microrganismos desde o momento de sua captura e visceração das operações de congelamento e descongelamento, de seu transporte e processamento e sua estocagem.