Ocorre o isolamento reprodutivo, quando duas populações dos indivíduos não podem se cruzar e, portanto, trocar gene.. Os mecanismos do isolamento constituem barreiras ao intercâmbio de genes e podem ser: pré-zigóticos e pós-zigóticos.

Mecanismos Pré-Zigóticos

Os mecanismos pré-zigóticos são os que impedem o contato sexual entre as espécies ou então impossibilitam a união dos gametas após o cruzamento. Assim temos: 

Isolamento habitacional

Os isolamento de habitat ocorre quando as populações vivem na mesma região mas localizam-se em habitats diferentes. É muito comum em plantas, em razão de sua natureza sedentária. 

Isolamento Sazonal ou estacional

No isolamento estacional duas populações de organismos, podem viver na mesma área, mas seus períodos reprodutivos ocorrem em diferentes estações do ano. Em conseqüência, não ocorre reprodução, embora seja possível o contato físico. Comum em plantas, tal isolamento também pode ocorrer em insetos e moluscos. 

Isolamento etológico

Em muitos animais existem padrões do comportamento relacionados ao acele-
ramento. No isolamento etológico surgem diferenças do comportamento impedindo os rituais de acasalamento e, consequentemente, a fecundação.