Jesuíta português nascido em Entre-Douro-e-Minho, Portugal, chefe da primeira missão jesuítica à América, cujas cartas que enviava para sua ordem servem como documentos históricos sobre o Brasil colonial e a ação jesuítica no século XVI. Estudou nas Universidades de Salamanca e Coimbra, bacharelado-se em direito canônico e filosofia pela Universidade de Coimbra (1541). Ordenado pela Companhia de Jesus (1544), embarcou na armada de Tomé de Sousa (1549), de quem foi amigo e conselheiro, como também o foi de Mem de Sá, a serviço da coroa portuguesa, com a missão de dedicar-se à catequese dos índios na colonização do Brasil. Participou da fundação de Salvador e do Rio de Janeiro e também na luta contra os franceses como conselheiro de Mem de Sá. 

Na posse portuguesa sobre o novo continente seu maior mérito, além de constantes viagens por toda a costa, de São Vicente a Pernambuco, foi o de estimular a conquista do interior, ultrapassando e penetrando além da serra do Mar. Foi o primeiro a dar o exemplo, ao subir ao planalto de Piratininga, para fundar o Colégio São Paulo que daria origem à cidade de São Paulo. Juntou-se (1563) a Anchieta e iniciaram o trabalho de pacificação dos tamoios, que retiraram seu apoio aos invasores franceses, sendo estes finalmente derrotados.

Estácio de Sá, encarregado de fundar uma cidade, São Sebastião do Rio de Janeiro, construiu um colégio de jesuítas, do qual ele participou na fundação. Morreu na cidade do Rio de Janeiro em 18 de outubro ( 1570). Entre seus escritos mais valiosos estão Diálogos sobre a conversão do gentio (1554), primeira obra em prosa da literatura brasileira, e Cartas do Brasil (1549-1570).