Com pouco conhecimento sobre as terras no continente sul-americano, dificultava o trabalho dos homens que promoviam as comissões de demarcação dos limites. Eles também encaravam a oposição das populações dos territórios espanhóis que não concordavam em passar para o domínio português. 

Enfrentaram diversas dificuldades, mas a maior ocorreu na região dos aldeamentos jesuíticos de Santo Ângelo, São Borja, São João Batista, São Luiz Gonzaga, São Lourenço, São Miguel e São Nicolau – os Sete Povos das Missões Orientais do Uruguai. 

Estimulados pelos jesuítas, os nativos  negaram a deixar as terras onde viviam uma experiência colonizadora diferente, pegando em armas contra as forças espanholas e portuguesas. Foram as Guerras Guaraníticas. 

As Guerras Guaraníticas ocorreu de 1754 a 1756. Causou a morte de milhares de nativos e a dispersão dos sobreviventes pelas terras do sul do continente. Nas cortes ibéricas proporcionaram o fortalecimento das opiniões daqueles que se recusavam à Companhia de Jesus, o que resutou com a expulsão dos padres jesuítas de Portugal e da Espanha, assim como, de seus domínios coloniais.

As mortes de Dom João V e Fernando VI também ajudaram para o enfraquecimento das relações de amizade e ajuda que haviam aproximado as duas monarquias ibéricas, de tal modo que no ano de 1756, os dois reinos já se enfrentavam em uma nova guerra européia: a Guerra dos Sete Anos. No ano de 1761, a Convenção do Pardo anulou as disposições do Tratado de Madri.